Este es el método de procesamiento más tradicional. En el proceso natural o seco, las cerezas de café enteras se dejan secar al sol, dejando la fruta en el grano, lo que produce una «pasa» alrededor del grano.

La fermentación natural se produce dando lugar a la creación de sabores y azúcares complejos. Este es un proceso más largo que otros métodos. Los cafés procesados naturalmente a menudo tienen notas afrutadas complejas en la taza final como bayas o cítricos.

El procesamiento de fermentación anaeróbico («aero» significa «con aire» y «an-aero» significa «sin aire») es donde el café se fermenta en un ambiente donde el oxígeno no está presente, generalmente utilizando grandes tanques herméticos de acero inoxidable.

Las cerezas de café se colocan en tanques de fermentación durante varias horas y luego se colocan en lechos de secado con una capa gruesa hasta que alcanza una humedad del 10%.